Η ιατρική διαμεσολάβηση εφαρμόζεται για την επίλυση διαφορών μεταξύ ασθενών και ιατρών, ασθενών και νοσοκομείων, ιατρών συναδέλφων κ.ά. Ιατρικά σφάλματα, εσφαλμένες διαγνώσεις, παράλειψη ή ελλιπής ενημέρωση του ιατρού ως προς τις επιπλοκές και κινδύνους μίας επέμβασης, είναι μερικές από τις περιπτώσεις δεκτικές διαμεσολάβησης. Με την εκούσια προσφυγή στη διαμεσολάβηση σε ιατρικές διαφορές, αφενός ενισχύεται η καλή πίστη και η βούληση για επίτευξη συμφωνίας από την πλευρά των νοσοκομειακών δομών, αφετέρου προωθείται η διατήρηση των σχέσεων μεταξύ ιατρών και ασθενών.